구미세무조사 전문변호사가 알려주는 세무조사

CONTENTS

1. 세무조사 | 개념과 선정 유형
- - 대상자 선정
2. 세무조사 | 법인사업자의 정기 세무조사
- - 주요 선정 유형 및 기준
- - 순환조사
- - 장기미조사
- - 신고성실도
- - 정기 세무조사 제외 대상
3. 세무조사 | 개인사업자의 정기 세무조사
- - 주요 선정 유형 및 기준
- - 순환조사
- - 장기미조사
- - 신고성실도 평가
- - 정기 세무조사 제외 대상
4. 세무조사 | 절차 및 진행 흐름
- - 세무조사 시작 전
- - 세무조사 개시 및 진행
- - 세무조사 종료
- - 권리구제 및 사후 평가
5. 세무조사 | 납세자 권리보호 제도 및 유의사항
- - 주요 권리보호 제도
6. 세무조사 | 체크리스트
- - 조세전문변호사의 조력 시스템

1. 세무조사 | 개념과 선정 유형

세무조사란 납세자의 과세표준 및 세액 신고가 적정하게 이루어졌는지를 확인하기 위해 국세청 등 과세당국이 실시하는 조사 절차입니다.

이를 통해 세법 준수 여부를 검토하고, 조세 탈루행위를 방지하여 과세 형평성과 국가 재정을 확보하는 데 목적이 있습니다.

대상자 선정

세무조사는 국세기본법에 따라 정기 세무조사와 비정기 세무조사로 나뉘며, 각각의 목적과 선정 기준이 다릅니다.

구분	설명
정기조사	선정기준에 따라 주기적으로 적정성을 검증하기 위한 조사
비정기조사	구체적 탈루 혐의 등 법적 사유가 있을 경우 실시하는 조사

2. 세무조사 | 법인사업자의 정기 세무조사

세무조사는 법인의 성실신고를 담보하기 위해 진행되며, 매년 적정 법인 수를 대상으로 정기조사를 실시하고 있습니다.

선정은 수입 금액, 법인 수, 조사 인력 등을 고려하여 지방청 및 세무서별로 균형 있게 배분됩니다.

주요 선정 유형 및 기준

세무조사를 진행할 때에는 다음과 같은 기준에 따라 법인사업자를 대상으로 세무조사를 진행합니다.

선정유형	주요 내용
순환조사 (국세기본법 제81조의6 제2항 제2호)	4과세기간 이상 조사받지 않은 법인에 대해 업종·규모 등을 고려해 선정
장기미조사 (법인세 사무처리규정 제200조 제3항)	장기간 미조사된 일정 규모 이상 법인
신고성실도 (법인세 사무처리규정 제196조)	AI·빅데이터 기반 분석으로 불성실 혐의 법인 추출

순환조사

순환조사는 동일 세목에 대해 최근 4과세기간 이상 세무조사를 받지 않은 법인을 대상으로 업종, 규모, 경제력 집중 여부 등을 고려하여 주기적으로 신고 적정성을 검증하는 제도입니다.

이는 특정 법인에 세무조사가 과도하게 집중되지 않도록 하여 세정의 형평성을 제고하는 한편, 성실신고 유도와 조세 회피 방지를 동시에 추구합니다.

세부 선정 기준

구분	선정 기준
일반 법인	연간 수입금액 2,000억 원 이상인 법인은 5년 주기로 순환조사 대상에 포함
경제력 집중 법인	수입금액 500억 원 이상이라도 아래 요건 중 하나에 해당하면 5년 주기 대상에 포함됨

경제력 집중 법인 요건 (택일)

∙ 상호출자제한기업집단 소속

∙ 자산 2,000억 원 이상

∙ 전문인적용역을 제공하는 법인

이러한 기준은 「법인세 사무처리규정」 제200조 제1항에 근거하여 설정되며, 기업의 규모와 사회적 영향력을 종합적으로 고려한 것입니다.

장기미조사

장기미조사 선정은 장기간 세무조사를 받지 않은 일정 규모 이상의 법인이 대상입니다.

이들은 신고 성실도와 무관하게 성실신고 여부 검증의 필요성이 인정되는 경우로 간주되어 정기조사 대상으로 선정됩니다.

구분	기준
법적 근거	국세기본법 시행령 제63조의4, 법인세 사무처리규정 제200조 제3항
적용 대상	일정 수입 규모 이상 법인 중 최근 수년간 세무조사를 받지 않은 법인

이 기준은 세무조사 대상의 공백이 과도하게 길어지는 것을 방지하기 위해 마련되었으며, 기업의 규모와 업종에 따라 선별적으로 적용됩니다.

신고성실도

신고성실도 기준은 전산시스템을 통해 납세자의 신고 내용과 외부 정보를 종합적으로 분석하여, 불성실 혐의가 높은 법인을 추출하는 방식입니다.

인공지능(AI)과 빅데이터 기반으로 신고내용의 신뢰도를 과학적으로 평가합니다.

분석 요소	내용
세무자료	법인세, 부가가치세, 원천세 등 각종 세금 신고자료
외부자료	외부감사보고서, 과거 세무조사 사례, 세무정보 등
평가 방식	국세청 내부 전산 시스템을 통한 연도별 성실도 분석

정기 세무조사 제외 대상

국세청은 일정 요건을 충족하는 성장 유망 기업 및 사회적 책임 이행 기업에 대해서는 정기 세무조사 대상에서 제외하여, 세정 지원을 통한 자율적인 경제활동 촉진을 유도하고 있습니다.

아래는 법인사업자 정기 세무조사에서 제외되는 주요 기업 유형입니다.

구분	대상 기업	주요 조건
일자리 창출기업	상시 근로자 수를 전년 대비 일정 기준 이상 증가	일자리창출계획서를 제출하고 이행한 중소기업
투자 확대기업	투자금액 전년 대비 일정 기준 이상 증가	투자확대계획서 제출 및 이행
스타트업·혁신기업	설립 5년 미만 스타트업, 기술·경영혁신형 기업	매출 기준 이하, 국세체납 無, 법령 준수
사회적기업·장애인표준사업장	고용노동부 인증 기업	매출 기준 이하, 국세체납 無, 법령 준수
수출 중소기업	수출 비중 50% 이상 또는 우수 수출기업 수상	국세체납 無, 매출 기준 이하

세무조사의 기간과 대응은?

3. 세무조사 | 개인사업자의 정기 세무조사

세무조사 중 개인사업자에 대한 정기 세무조사는 신고의 적정성 검토와 성실신고 유도를 목적으로 매년 일정 수준의 인원을 대상으로 실시됩니다.

지방국세청 및 세무서에서는 관할지역 내 사업자의 규모, 업종, 조사 인력 등을 종합적으로 고려해 균형 있게 선정하고 있습니다.

주요 선정 유형 및 기준

개인사업자에 대한 정기 세무조사는 아래와 같은 세 가지 기준에 따라 조사대상이 선정됩니다.

선정 유형	주요 내용
순환조사 (「국세기본법」 제81조의6 제2항 제2호)	4과세기간 이상 세무조사를 받지 않은 사업자를 대상으로 업종·규모 등을 고려해 주기적으로 적정성 검증
장기미조사 (「소득세 사무처리규정」 제97조 제2항)	장기간 세무조사를 받지 않아 성실신고 여부 검증이 필요한 사업자
신고성실도 평가 (「소득세 사무처리규정」 제93조, 제96조)	신고 내용과 과세자료, 세무정보 등을 바탕으로 전산 시스템을 통해 분석 후 불성실 혐의가 있는 경우

순환조사

순환조사는 장기간 세무조사를 받지 않은 개인사업자를 대상으로 하며, 업종별 위험도와 사업규모 등을 고려해 선정됩니다.

구분	기준
일반 개인사업자	연간 사업소득(부동산 임대 포함) 수입금액이 500억 원 이상인 경우, 5년 주기로 순환조사 선정
전문인적용역 사업자	연간 수입금액이 200억 원 이상이면 순환조사 대상

기타 구체적인 순환조사 기준은 국세청장이 별도로 정합니다.

장기미조사

신고성실도와 관계없이, 장기간 세무조사를 받지 않아 신고 적정성 확인이 필요한 개인사업자는 장기미조사자로 분류되어 정기 세무조사 대상으로 선정됩니다.

구분	기준
법적 근거	「국세기본법 시행령」 제63조의4
적용 대상	일정 규모 이상으로, 오랜 기간 세무조사 누락된 개인사업자

신고성실도 평가

개인사업자도 법인과 마찬가지로 전산 기반 평가시스템을 통해 신고성실도를 분석받습니다.

성실도 분석 결과 불성실 혐의가 있는 경우에는 정기조사 대상으로 선정됩니다.

분석 요소	내용
과세자료	종합소득세, 부가가치세 신고자료
외부자료	세무정보, 수입금액, 세원관리 결과 등
평가 방법	전산분석 기반의 신고성실도 평가 시스템 적용

전산분석은 사업자별 과세기간 단위로 이루어지며, 평가 결과에 따라 조사의 강도나 범위가 달라질 수 있습니다.

정기 세무조사 제외 대상

국세청은 경제 활력 제고 및 사회적 가치 실현을 위해 일정 요건을 충족하는 개인사업자에 대해 정기 세무조사에서 선정 제외하고 있습니다.

구분	제외 대상	주요 요건
일자리 창출기업	상시근로자 수 전년 대비 2%(최소 1명 이상) 증가	일자리창출계획서를 제출하고 이행
투자 확대기업	전년 대비 일정 비율 이상 투자 증가	투자확대계획서를 제출하고 이행
스타트업·혁신기업	설립 5년 미만 벤처기업, 혁신형 중소기업	매출 기준 이하, 국세체납 無, 법령 준수
사회적기업·장애인표준사업장	고용노동부 인증 기업	매출 기준 이하, 국세체납 無, 법령 준수
수출 중소기업	수출액 비중 50% 이상이거나 무역상 수상 기업	매출 기준 이하, 국세체납 無

4. 세무조사 | 절차 및 진행 흐름

세무조사는 명확한 절차에 따라 진행되며, 납세자의 권익을 보호하는 다양한 제도와 안내가 병행됩니다.

세무조사의 흐름은 아래와 같이 사전 안내 → 조사 개시 → 진행 → 종료 및 사후조치의 단계로 구분됩니다.

절차 한눈에 보기

① 조사 사전 통지
: 통지서 수령, 조사연기/장소변경 가능

② 조사 개시 및 오리엔테이션
: 조사공무원 신분 확인, 청렴서약, 권리 안내

③ 조사 진행
: 자료요청 대응, 해명 기회 제공, 권리보호 요청 가능

④ 조사 종료
: 결과 통지서 수령, 수정신고/불복 가능

⑤ 평가 및 권리구제
: 고객평가 제출, 납세자 의견 청취

세무조사 시작 전

조사 개시 전 단계에서는 납세자에게 사전 통지가 이루어지고, 오리엔테이션 등을 통해 조사 내용과 권리보호 제도가 안내됩니다.

∙ 사전통지서 송부
조사 시작일 15일 전까지 ‘세무조사 사전통지서’, ‘납세자권리헌장’이 함께 전달

∙ 세무조사 오리엔테이션
납세자 요청 시 조사 전일 또는 당일에 진행
조사 대상 선정 사유, 범위, 준비사항 등 설명

∙ 조사 연기·장소 변경 신청
천재지변, 재해, 질병, 장기출장 등 사유에 해당하면 신청 가능

∙ 세무조사 유예 신청
다음 요건을 충족한 중소기업은 신청 가능
▶ 소비성 서비스업 제외
▶ 상시근로자 수 직전연도 대비 2%(최소 1명) 이상 증가

세무조사 개시 및 진행

세무조사가 시작되면 조사공무원은 반드시 신분을 밝히고, 납세자에게 권리 안내와 절차 준수 여부를 고지해야 합니다.

주요 절차 및 유의사항

항목	설명
조사개시	조사공무원 신분증(조사원증, 공무원증) 확인 후, 청렴서약서 작성
세무대리인	위임장 제출을 통해 세무대리인 참여 가능
조사범위 안내	정해진 범위 내 조사 원칙, 확대 시 반드시 통지서 발송
자료요청 및 해명기회	소명서 제출, 조사과장 면담제도를 통해 충분한 해명 기회 보장
조사중지·범위확대·연장	사유 발생 시 서면 통지 필수. 임의 확대·연장 금지
장부 일시보관	명백한 탈루 혐의 시 가능, 납세자 동의 필요, 14일 이내 반환 원칙
홈택스 확인	납세자가 홈택스에서 조사 진행 상황 실시간 확인 가능

※ 조사 과정에서 위법·부당한 조사 또는 공무원 행위가 있다면 납세자보호담당관에게 권리보호를 요청할 수 있습니다.

탈세처벌 대상 행위의 유형은?

세무조사 종료

조사가 종료되면 납세자는 조사결과를 통지받고, 필요 시 자발적인 수정신고나 불복절차를 진행할 수 있습니다.

주요 절차

∙ 세무조사 결과 통지
- 조사 종료 후 20일 이내 발송
➤ 내용: 과세표준, 세액, 산출근거 등

∙ 세무컨설팅의 날 운영
- 조사결과에 대한 상세한 설명 제공
➤ 과세항목, 과세근거, 소득처분, 사후 회계처리 방법 등

∙ 수정신고 및 징수유예 신청
- 조사 결과에 대해 수정신고 가능
➤ 일시적 자금 부담 시 징수유예 신청 가능

권리구제 및 사후 평가

세무조사 종료 후에도 납세자는 이의 제기, 불복청구, 절차 평가를 통해 권익을 보호받을 수 있습니다.

주요 권리	내용
과세전적부심사 청구(과세결정 전) 또는 이의신청(결정 이후)	조사결과에 불복할 경우 정식 절차를 통해 다툴 수 있음
고객평가 체크리스트 제출	납세자는 조사공무원의 절차 준수 여부 등에 대한 평가서를 작성하여 제출
납세자보호담당관 면담	납세자 의견 청취를 위한 유선 또는 현장 방문 방식으로 운영

5. 세무조사 | 납세자 권리보호 제도 및 유의사항

세무조사는 납세자의 성실신고를 확인하기 위한 법적 절차이지만, 동시에 납세자의 권익을 보호하기 위한 제도적 장치가 함께 마련되어 있습니다.

국세청은 납세자의 부담을 최소화하고, 위법·부당한 조사를 방지하기 위해 다양한 권리보호 제도를 운영하고 있습니다.

주요 권리보호 제도

제도명	내용	실무상 유의사항
납세자권리헌장 고지	세무조사 사전통지 시 함께 제공	조사 전 반드시 확인 필요
세무조사 오리엔테이션	조사범위, 권리보호 제도 등 설명	납세자 요청 시 진행
세무조사 유예신청	일자리창출·스타트업 등 일정 요건 충족 시 신청 가능	홈택스를 통한 연 1회 신청
조사연기·장소변경 신청	재해·출장·질병 등 정당한 사유 있는 경우	조기 신청 권장
조사공무원 신분 확인 및 청렴서약서 작성	조사 개시 시 반드시 시행	위반 시 납세자보호 요청 가능
조사범위 통지 및 확대 통지 의무	조사 범위 변경 시 서면 통지 필수	구두 통지는 무효
소명 기회 제공 및 과장면담제도	해명 기회와 공정한 판단 보장	소명서는 서면으로 제출
납세자보호담당관 제도	부당한 세무조사 행위 발생 시 권리구제 요청 가능	본청·지방청·세무서 모두 배치
세무컨설팅의 날 운영	조사결과 설명 및 사후 회계처리 안내	수정신고 및 불복 참고 자료로 활용
고객평가 체크리스트 제출	조사 종료 후 공무원 평가 참여	실명/익명 선택 가능

국세청세무조사 대응 방법은?

6. 세무조사 | 체크리스트

세무조사 대상자가 되었을 경우, 사전에 준비하고 조사과정에서 점검해야 할 핵심 사항들을 놓치지 않는 것이 중요합니다.

점검 항목	확인 및 대응 요령
사전통지서 및 납세자권리헌장 수령 여부	사전통지서·권리헌장 미수령 시 조사 개시 전 납세자보호담당관에게 확인 요청
세무조사 오리엔테이션 참석 여부	조사범위, 권리보호제도 등 사전 설명 청취 → 납세자가 신청 시 반드시 제공
자료요청 범위 확인	조사 범위 외 자료 요청은 거부 가능 (단, 공식적인 범위확대 통지 시 예외)
장부·자료 일시보관 동의 여부	보관 사유 확인 후 14일 이내 반환 요청 가능 조사 범위 외 보관 금지
결과 불복 절차 숙지	과세결정 통지 후 이의신청·조세심판청구·불복청구 가능
조사공무원 부당행위 여부 기록	조사 중 위법·부당한 언행은 메모·녹음 등 증거 확보 → 보호담당관 요청 시 활용 가능